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2021年07月08日，客服中心反饋廣州某醫(yī)院的模擬需求，接到反饋后，材料檢測(cè)實(shí)驗(yàn)室工程師第一時(shí)間與客戶進(jìn)行詳細(xì)溝通，情況如下：

客戶背景

客戶是廣州某家醫(yī)院，由于發(fā)表文章，急需模擬細(xì)胞色素c包埋在氫鍵有機(jī)框架后的活性中心結(jié)構(gòu)變化。

樣品名稱

細(xì)胞色素

客戶需求

yt c包埋的氫鍵有機(jī)框架的結(jié)構(gòu)如下所示，Cyt c位于框架的缺陷位置。注意，框架材料需要去除適當(dāng)?shù)呐潴w才能容納Cyt c分子（具體去除多少個(gè)配體需要優(yōu)化）。其中配體和Cyt c表面的氨基酸殘基的氨基形成氫鍵作用，形成的復(fù)合結(jié)構(gòu)示意圖如下（即Cyt c通過氫鍵嵌在框架的缺陷位置）。通過全原子顯式溶劑分子動(dòng)力學(xué)模擬，計(jì)算Cyt c的活性中心 Fe卟啉配位情況和周圍氨基酸位置在嵌入材料前后的結(jié)構(gòu)變化，需要得到關(guān)鍵氨基酸Met80、His18 和Tyr 67的概率分布。

解決方案

利用Material studio構(gòu)建納米框架材料多層晶片結(jié)構(gòu)獲取。需要根據(jù)細(xì)胞色素c蛋白直徑大小，設(shè)定納米材料晶格長(zhǎng)度與單元總量。最終搭建能夠容納蛋白的適當(dāng)多層納米材料，利用NAMD軟件，對(duì)單層納米框架材料結(jié)構(gòu)，進(jìn)行適度動(dòng)力學(xué)模擬，獲取真空理想狀態(tài)下整個(gè)單層納米框架材料進(jìn)行結(jié)構(gòu)優(yōu)化，達(dá)到最優(yōu)晶型結(jié)構(gòu)。

客戶反饋

蛋白結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)客戶很滿意，表示后續(xù)文章修訂補(bǔ)數(shù)據(jù)如果需要，仍繼續(xù)合作。